Juupajoen kylät
Kunnassa on kolme taajamaa : Korkeakoski, Kopsamo (Kirkonkylä) ja Lyly. Luonto kunnan alueella on vaihtelevaa, pinnanmuodostus on kumpuilevaa ja pienehköjä vesistöjä on runsaasti. Salokunnan-Kopsamon-Sahrajärven alue muodostaa valtakunnallisesti merkittävän kulttuurimaisema-alueen, jolle on ominaista viljelysten ja kauniiden maisemien tasapainoisuus.

Korkeakoski
Kuntakeskus sijaitsee Korkeakoskella, missä Suomen ensimmäinen kenkätehdas aloitti kosken partaalla vuonna 1897. Kunnan teollisista työpaikoista suurin osa on tällä alueella toimivissa puunjalostusalan yrityksissä. Terveyskeskus, kunnanvirasto ja koulukeskus (luokat 3-9) sekä useimmat yksityiset palvelut sijaitsevat Korkeakoskella. Korkeakoskella asuu puolet kunnan asukkaista.
Kopsamo
Kopsamon alue kuuluu valtakunnallisesti merkittävään kulttuurimaisema-alueeseen. Taajamassa on mm. pieni ja idyllinen kyläkoulu (esikoulu ja luokat 1-2), Juupajoen kirkko ja seurantalo Suomela.
Salokunta-Kopsamo-Sahrajärven alue muodostaa Juupajoen kulttuurimaiseman. Valtakunnallisesti arvokkaat maisema-alueet Suomessa on nimetty Valtioneuvoston periaatepäätöksellä viimeksi vuonna 2021. Tällaisia maisema-alueita on yhteensä 186 ja Juupajoen kulttuurimaisema on yksi niistä.
Valtakunnallisesti arvokkaiksi nimetyt maisema-alueet ovat edustavia esimerkkejä suomalaisesta kulttuuri- ja luonnonperinnöstä.
Lyly
Lylyn taajama sijaitsee Juupajoen kunnan pohjoisosassa, josta matkaa kuntakeskukseen tulee noin 12 km. Lylyn asema ympäristöineen on Museoviraston ja Ympäristöministeriön sekä VR:n toimesta suojeltu vuonna 1998. Lylyssä toimii myös vireä kyläyhdistys.